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巧克力囊腫的臨床診斷主要靠病史、癥狀和體征。常見的檢查有：婦檢、超聲診斷、MRI、CT、腹腔鏡及實驗室檢查。
卵巢巧克力囊腫的診斷主要依靠臨床醫(yī)生對這類新型急腹癥的認識。如患者有痛經或明確的子宮內膜 異位癥之歷史，則更應嚴重考慮本病的診斷。盆檢不滿意時，通過B超聲檢查可對探出宮旁腫塊。
陰道后穹窿或腹腔穿刺對診斷幫助很大。從巧克力囊腫的破口中流 出的陳舊性經血，經腹腔液稀釋，成為一種稀薄褐色的液體。如穿刺時獲得這種液體，則診斷即可明確了。
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